El 20 de enero de 1950 llegaron seis religiosas del Instituto de las Hijas de los Sagrados Corazones de Jesús y de María, acompañadas por la madre Ana María Lozano, superiora general del Instituto, para iniciar labores escolares en una antigua escuelita que a partir de entonces se llamó colegio Sagrados Corazones. El superior del Vicariato Apostólico de Florencia era el padre Luis de Igualada, sacerdote Franciscano y el intendente regional, coronel Manuel Agudelo, quien conocedor de la comunidad religiosa por ser hermano de la Hermana Teresita Agudelo H.SS.CC., insinuó al Padre de Igualada solicitara la presencia de estas religiosas en la región.
En el mismo mes se iniciaron matrículas para los grados de 1° a 5°, posteriormente se inició el bachillerato en la modalidad comercial, graduando varias promociones en cuarto bachillerato como era lo normal en esa época.
Durante los primeros años se ofreció servicio de internado y funcionó comocolegio parroquial privado. Posteriormente se dio paso a la educación media con el nombre del Instituto Técnico de Bachillerato Comercial Sagrados Corazones. De 1974 a 1984 el colegio fue mixto porque abrió las puertas a jóvenes de los colegios de los pueblos pertenecientes a la Educación Contratada que habían terminado noveno grado y querían terminar su bachillerato comercial.
A partir de las reformas educativas propuestas en la Constitución Política de 1991 y en consecuencia la Ley 115 General de Educación, se da paso en la Institución a un proceso de sensibilización, conocimiento y profundización de las exigencias y oportunidades que la Ley ofrece a la Comunidad Educativa en relación a la diversificación, autonomía, participación democrática y el trabajo colectivo. Con lo anterior, el colegio tomó nuevos rumbos terminándose la modalidad comercial, quedando la educación básica de primero a noveno y la media en dos modalidades: académica y técnica.
En 1997, el colegio promocionó bachilleres en dos modalidades: Académica y Técnica. La técnica en dos especialidades, Comercio y Secretariado Auxiliar Contable, unas, e Informática, otras.
A partir de enero de 2000 asume la Rectoría la Esp. Hna. Mariela Méndez Silva, en este año se inicia la especialidad en Gestión Empresarial y con diferentes actividades el colegio celebra sus primeros cincuenta (50) años de servicio a la región.
En el año 2001, El Ministerio de Educación Nacional dona a la Institución una sala de Nuevas Tecnologías tipo C.
Durante los años 2002 y 2003 el colegio albergó un promedio de 1070 estudiantes distribuidas en 32 grupos así: 13 en básica primaria, 11 en básica secundaria y 8 en educación media.
En el 2003, los establecimientos educativos denominados INSTITUTO TÉCNICO DE BACHILLERATO COMERCIAL SAGRADOS CORAZONES y ESCUELA AMPARO DEL NIÑO del municipio de Florencia, fueron fusionados Departamento del Caquetá mediante decreto 000516 del 11 de agosto de 2003.
Mediante Decreto 0159 del 17 de diciembre de 2003, emanado de la Alcaldía Municipal, se concede reconocimiento oficial a la INSTITUCIÓN EDUCATIVA SAGRADOS CORAZONES, de carácter femenino, ubicada en el perímetro urbano del municipio de Florencia y se autoriza para que en la misma se imparta educación formal en los niveles de educación preescolar, educación básica y educación media, modalidad académica y técnica bajo una sola administración, jornada diurna, de propiedad del municipio de Florencia, funcionando en planta física de la Diócesis de Florencia y administrado por la Educación Misional Contratada. La institución es única sede, ya que la fusión con el Amparo del Niño solo fue del recurso humano y parte del inventario de muebles y enseres.
En el año 2005, por escasez de estudiantes se canceló la especialidad en comercio.
A partir de marzo de 2006 la institución se inserta al proceso de calidad liderado por la Empresa Meals de Colombia a través del grupo pedagógico Líderes Siglo XXI en los Colegios del Instituto de las Hijas de los Sagrados Corazones en Colombia.
En el 2008 la especialidad de Gestión empresarial se articuló con el SENA y en el año 2010 cambió el nombre de Gestión empresarial por Especialidad en Contabilidad según acuerdo 001 del 02 de marzo de 2010, del Consejo Académico y a partir de la fecha y conforme al proceso de integración con el SENA, las estudiantes reciben el título de Técnico en “Documentación y Registro de Operaciones Contables”.
Desde el año 2007 y hasta la fecha, la institución educativa cuenta con 37 grupos de estudiantes distribuidos así: cuatro (4) en preescolar; tres (3) grupos en cada uno de los grados de educación básica y tres (3) en cada uno de los grados de educación media.
La Planta de Personal está conformada por 55 Servidores Públicos: 3 Directivos docentes, 1 Docente con funciones de Orientadora Escolar, 44 docentes, y 7 administrativos (1 Secretaria Ejecutiva, 1 Auxiliar Administrativa, 3 Auxiliar de Servicios Generales y 2 Celadores).
Desde su fundación y durante los primeros 62 años han asumido la orientación de la Institución Educativa, en su calidad de Rectoras, las siguientes Religiosas Hijas de los Sagrados Corazones:
| RECTORA | PERIODO |
| Hna. Imelda Corredor Goyeneche | 1950-1951 |
| Hna. Ana Virginia Gómez | 1952-1953 |
| Hna. Maria de Jesús Acosta Acosta | 1960-1965 |
| Hna. Ana Francisca Melo Vega | 1965-1968 |
| Hna. Elvira Galeano | 1969 |
| Hna. Rosa de San José Gómez M. | 1969-1970 |
| Hna. María del Pilar Galeano Sierra | 1971-1977 |
| Hna. Carmen Estupiñán Medina | 1978 |
| Hna. Euselina Estupiñán Medina | 1979 |
| Hna. Ana Isabel Niño Rojas | 1980-1981 |
| Hna. Maria Isabel Alvarado Bernal | 1982-1983 |
| Hna. María Deyanira Villa Londoño | 1984-1986 |
| Hna. Maria Lucía Quiroga Benitez | 1987-1992 |
| Hna. Aracely Velandia Montañez | 1993 |
| Hna. Myriam Fabiola García Pérez | 1994-1999 |
| Hna. Mariela Méndez Silva | 23/Febrero/2000 al 16/mayo/2012 |
La reciente historia de la Institución, a partir de mayo de 2012, se ha visto marcada por la participación de laicos en su direccionamiento.
| RECTOR | PERIODO |
| Esp. Pedro Torres Calderón | 17/Mayo/2012 al 4/Agosto/2013 |
| Esp. Gofredo Maje Muñoz | 5/Agosto/2013 a 08/julio/2015 |
| Mag. Fabio Espinosa Pinzón | 09/julio/2015 hasta hoy |
En respuesta al interés de directivos y docentes por cualificar el quehacer pedagógico, acorde al proceso de mejoramiento institucional que ha venido adelantando la institución, se han actualizado equipos de computo para oficinas y sala de docentes; se dispone de:
| CANTIDAD | DESCRIPCIÓN |
| 2 | Aulas de informática, con de internet banda ancha de 9 Mb. (16 y 17) |
| 1 | Aula para inglés (09) |
| 1 | Aula móvil, con 19 computadores portátiles |
| 129 | Tabletas |
En complemento a este equipamiento, se cuenta con servicio de internet inalámbrico asistido por tres (3) cuentas con banda ancha de 9 MB.
En cuanto a las ayudas audiovisuales se cuenta con el servicio de:
| CANTIDAD | DESCRIPCIÓN |
| 6 | Video beam instalado en techo con teatro en casa (sala 9, sala 16, sala de lectura, sala de proyecciones, sala de juntas, sala de profesores) |
| 1 | Video beam, móvil, para uso en múltiples ambientes educativos |
| 1 | Tablero digital (Aula 17) |
| 7 | Televisores en ambientes educativos (Aulas: 1, 8, 12, 15, 19, 20, 21) |
| 1 | Circuito cerrado de vigilancia con ocho (8) cámaras de video |
| 3 | Cámaras fotográficas digitales |
| 3 | Computadores portátiles |
Adicional, se cuenta con servicio de internet banda ancha para el área administrativa (Rectoría y Coordinaciones).
La institución ha caracterizado la calidad del servicio educativo que ofrece, especialmente, por la formación en valores humanos y virtudes cristianas.
En los últimos 4 años se ha mantenido en el nivel Superior en las Pruebas Saber once y en 2014 obtuvo en las pruebas SABER 3°, 5° y 9° promedios superiores tanto a los promedios municipales como nacionales.
En el desempeño deportivo, la Institución ha sido ganadora en las categorías Escolar, A y B de Voleibool, a nivel municipal y departamental; y en las categorías Infantil y Preinfantil en el concurso de danzas a nivel Municipal. Estudiantes como Karen Calderón fue campeona nacional en ajedrez en los años 2007 y 2008; María Alejandra Quintero Perdomo, Danna Marcela Restrepo Ramírez y Mayra Alejandra Gaviria son Campeonas Nacionales en Atletismo, con representación internacional alcanzando María Alejandra Quintero y Mayra Alejandra Gaviria el Campeonato Sur Americano Escolar de Lanzamiento de Martillo; además de sus compañeras de equipo que son campeonas Municipales y Departamentales en sus respectivas pruebas.
Desde que se inició el concurso “El cuento del agua” promovido por la Empresa de Servicios Varios de Florencia, SERVAF, la institución ha obtenido primeros y segundos puestos.
Los consejos de aula, que funcionan desde el año 2002, es el proyecto que identifica a la institución por su organización, participación estudiantil y formación del liderazgo juvenil.
Otras estrategias pedagógicas, propias de la filosofía Institucional, que le dan identidad son: la implementación del “Sistema Preventivo de Don Bosco”, los “Buenos días Marianos” y los “Retiros espirituales” para estudiantes, directivos, docentes y administrativos. Estos, entre otros logros hacen que la institución sea preferida por muchas familias; cuya cobertura lamentablemente se ve limitada por la estrechez de la planta física, que, además, es propiedad de la Diócesis de Florencia, por lo que el Municipio de Florencia durante la historia de la Institución se ha eximido de invertir en su mantenimiento, adecuación y ampliación, requeridas.
Con este empeño institucional y el interés de cada uno de los directivos, docentes y administrativos, como también el apoyo decidido de muchos padres de familia, se aspira optimizar el servicio educativo, generando un desarrollo curricular, un ambiente escolar y una oferta educativa, acorde a las expectativas y demandas del entorno Institucional actual.